菲律宾自98年新总统上任以来，提出解决本国农业问题为首要任务，同时，农产品的进口在菲经济中一直扮演着不可替代的重要角色。由于农产品贸易的特殊性，在操作过程中，农产品检疫作为一个重要的环节，有着重要的影响。
目前，外国农产品如要进入菲市场须办理的检疫手续如下图：
A. 出口国出口商将发票和箱单传给菲律宾进口商
B. 菲国进口商凭出口国出口商的发票和箱单向菲农业部农作物局植物检疫处(BPI)申请进口许可证。
C. 菲律宾植物检疫处签发该种产品的进口许可证，在该证上会注明每种产品离岸前要求（如后附）
D. 菲进口商将该证交给出口国的出口商。
E. 出口国出口商提请出口国检疫部门根据产品的离岸前要求进行离岸检疫并出具检疫证明
F. 出口国出口商将检疫证明和其他运输单据一起以适当渠道转交菲律宾出口商。
G. 在货物到达菲律宾港口后，菲进口商提供给菲检疫部门进口许可证和出口国的检疫证明。
H. 菲检疫部门根据进口许可证和检疫证明进行复验，合格后方可入关。
其中BPI所签发的进口许可证上的对该产品的离岸前要求和菲律宾入关要求因产品不同而有所差异，以下仅以菲检疫部门对我国几种主要对菲出口产品的离岸前要求和入关要求为例:
苹果：
装运前要求：
1、水果须从原产地以封存的冷藏柜运输/船运。在运输途中不允许开箱。
2、 原产地颁发的植物卫生证明须随运。
3、 在随同的出口文件中须注明封存号。
4、 证明水果未染有Codling Moth (幼果娥)、Apple maggot(苹果蛆)、San Jose Scale (圣琼斯介壳虫)的附加澄清文件。在随运的植物卫生证明的附加澄清文件中须注明菲农业部种植业局(BPI)的进口许可证编号。
菲海关入关要求：
1、 封存的集装箱装运，只有菲植物检疫官员在菲律宾的港口可以打开。
2、 检验由菲植物检疫官员执行，将抽取必要的样品以供实验室观察。只有在检验、非化学处理（如有必要且须支付有关费用）全部结束后该批货才获释通关。只有非转运货才可以允许进关。