日本是世界贸易大国，进出口贸易在其国民经济中占有重要地位，早在上世纪70年代日本即着手建立电子通关系统，其体系构成与运作方式都具有鲜明特点。
一、日本实施电子通关的历史沿革
日本的通关电子化首先是从航空货物进口业务开始实施的。根据1977年5月通过的《关于航空运输货物通关手续特例等的法律》及其相关政令，同年7月日本政府和民间企业分别出资6000万和2000万日元设立了航空货物通关信息处理中心，1978年8月该中心启动航空货物通关信息处理系统（Air-NACCS: Air Nippon Automated Cargo Clearance System），通过电算化方式处理航空货物通关手续及相关民间业务，1985年该系统开始受理出口航空货物相关业务。
海运货物的电子通关与航空货物相比实施较晚，1991年3月日本国会修改了《关于航空运输货物通关手续特例等的法律》，该法改称《通过电子信息处理组织实施通关手续的特例等相关事务的法律》（以下简称《通关特例法》），扩大了海关指定机构实施电子通关的业务范围。根据该法，同年7月航空货物通关信息处理中心改称通关信息处理中心（以下简称NACCS中心），民间企业追加1000万日元投资。10月该中心启动海运货物通关信息处理系统（Sea-NACCS）。
二、日本通关信息处理中心（NACCS中心）
该中心成立时属特殊法人，2003年10月改组为独立行政法人，性质类似于我国的事业单位，受日本财务省（日本海关机构上隶属于财务省）监督管辖。中心设理事长1名、理事3名、监事2名，总部下设总务、财会、企划、业务、系统运营各部，在日本各地设立事务所。该中心及通关系统有如下特点：
（一）业务上官民一体、电子政务与电子商务合二为一。与一般国家不同的是，NACCS中心的有关业务既包括海关通关手续等电子政务的部分，又包括通关过程中货物物流信息管理等电子商务的部分。包括货物进出口报关、审查、装卸、保税运输、缴纳关税以及海关进出许可通知等所有通关手续都可通过NACCS进行处理，现在日本所有进出口货物中，已有约95%的航空货物和约96%的海运货物通过该系统通关。为方便进出口商使用该系统，NACCS同时整合了部分货物进出口物流信息管理业务，如货物的装卸、存放、通关进程等实时情况的信息监控、复式联运货物管理、运费管理等都可以通过该系统实现。
这种电子政务与电子商务合二为一的方式，具有以下优点：1.大大提高了通关效率，缩短实际通关时间；2.加强了信息服务，使用者可以实时掌握货物信息；3.通过通关手续等政务电子化推动电子商务的发展。
（二）专网连接、加强安全设置。NACCS设有主机两台，其中一台用于在线服务，另一台用于应急及数据储存。在网络架构上，日本海关通过构建通关事务综合数据通信系统（海关WAN），使NACCS与海关内部的通关信息综合判定系统（CIS）、各主要进出口商的货物管理系统、银行、国际旅客携带品通关系统（ACTIS）以及办理NACCS以外海关手续的CuPES系统连接。
NACCS中心与主要的进出口企业之间架设专线，系统主机与用户计算机专线直接连接。这样首先确保了信息传输速度，保证每天与用户通过专线及时互换大量的通关数据。如Air-NACCS的传输处理速度已达到极高的水平，从客户输入数据到系统处理完毕并传回客户的时间最长不超过3秒，大部分都在1秒以内，保证了航空运输对时间的苛刻要求。其次，专线系统实现了与因特网的隔离，并通过加强安全设置，保证系统信息安全。对货物处理量较小的中小企业，系统还保留了通过因特网使用电子邮件方式（net NACCS）进行通关手续的方式，虽然通关时间上长于专线，但成本费用较低。这样就满足了不同使用者的要求。
日本海关内部另有通关信息综合判定系统（CIS），主要用于储存历年的进出口申报信息、进出口货物的审查检查信息，实施进出口货物风险判定。如对屡次违反规定的进出口商，CIS将向NACCS发出停止受理的指令。
（三）自主运营、自负盈亏。NACCS中心根据法律规定自主运营，其运营费用来源主要来自日本政府和民间企业缴纳的使用费。向企业征收的主要是报关单等的传输费用和专线运营费用。而中心同时与日本财务省签订合同，定期收取政府使用NACCS系统的使用费。中心的日常事务完全自主决定，财务省通过合同内容约束并监督中心的运营。
（四）定期升级、使用范围逐步扩大。NACCS每8年进行一次系统升级，每次升级时召开系统开发推进协议会或信息处理运营协议会，公开征集各方意见，增加系统功能、扩大使用范围。Air-NACCS启动时仅在东京成田国际机场及原木地区、Sea-NACCS仅在东京、横滨、川崎三港口使用，此后逐渐扩大至日本主要机场和全部港口。现在投入使用的Air-NACCS和Sea-NACCS进行的最后一次更新分别是在2001年和1999年。
（五）与其他电子政务平台对接。NACCS系统与厚生劳动省的进口食品监视支援系统（FAINS）、农林水产省的进口植物检查手续电算处理系统（PQ-NETWORK）和动物检疫检查手续电算处理系统（ANIPAS）以及经济产业省的贸易管理公开网络系统（JETRAS）对接。Sea-NACCS还与国土交通省的港湾EDI系统、法务省的海员上陆许可支援系统相连。这样方便了用户集中办理各类手续，提高效率、节省时间。