阿塞拜疆是国际海关组织成员。负责管理海关事务的机构是国家海关委员会。在各主要边境口岸、国际空港，码头、主要城市都设有海关。海关关税是阿塞拜疆政府财政的重要来源之一，近年的海关税收入占当年国家预算收入的20%左右。
阿塞拜疆海关税以进口税为主，出口税为辅，出口税主要针对某些国内短缺的有色金属。进口税以从价税为主，分5个级差，最低0.5%、最高15%，中间有3%、5%、10%三个级差。另外对部分进口商品如水产品、汽车及其配件实行从量税。
除关税外海关还代征消费税和增值税。消费税从5%到90%不等，增值税为18%。
海关收取海关手续费。通常按到岸价的0.15%收取，外币按面值的0.15%收取。过境货物按每单30美元收取