土耳其海关总署隶属土总理府，由国务部长直接领导。署长下主要设有：海关总局、海关保护总局、海关监管总局、欧盟和对外关系总局等部门。
土耳其于1996年1月1日正式加入欧洲关税同盟，其法律及规定均按欧洲关税同盟制定。
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