深圳港将形成“两翼、六区、三主”的总体格局：“两翼”指东、西部两大港口群，“六区”指东部的盐田、大鹏港区和西部的南山、大铲湾、大小铲岛和宝安港区，“三主”指以集装箱运输为重点、体现深圳港核心竞争力的盐田、南山和大铲湾三大主体港区。
根据港区资源条件和发展潜力，结合城市总体规划，各港区的功能分工如下：
南山港区：是集装箱干线港的重要组成部分，依托集装箱运输发展现代物流，兼具邮轮、旅客和散、杂货运输及修造船等多功能的综合性港区。
大铲湾港区：是集装箱干线港的重要组成部分，依托集装箱运输发展现代物流。
大小铲岛港区：以成品油和液体化工品运输为主。
宝安港区：以散、杂货运输和旅客运输为主，适度发展集装箱驳船运输。
盐田港区：是集装箱干线港的重要组成部分，依托集装箱运输发展现代物流。
大鹏港区：以成品油、液体化工品、液化气运输为主，兼顾水上旅游客运功能，是深圳港东部能源储运基地。
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