限硫令生效后，航运公司面临着低硫燃料或者加装脱硫装置所带来的额外成本。不过，近期有托运人指责，一些航运公司有重复收费嫌疑，导致托运人成本增加至少10%。
香港付货人委员会此前发布声明称，大多数航运公司在去年年初已经上调燃料附加费转嫁部分脱硫成本，去年12月，马士基航运、地中海航运、长荣海运等主要航运公司不只再次上调燃料附加费，还额外加征脱硫费用。
香港付货人委员会执行总干事何立基表示，由于燃料附加费已经计入了脱硫成本，其他借脱硫新规收取的新附加费，有重复收费嫌疑。根据委员会的说法，这些附加费用使托运人成本增加了至少10%。
举例而言，马士基航运向客户发出的通知称，已经就燃料附加费（BAF）进行修订，并从2020年1月1日起将收费标准改以低硫燃料的价格去计算；但同时马士基航运又在去年12月起引入短期合约燃料附加费（EFF），收费基准则是以改用低硫燃料造成的成本价差去征收。换句话说，无论是BAF或EFF都与低硫燃料成本有关。
何立基指出，除了重复收费，航运公司也没有仔细解释增加的成本和计算附加费标准，例如美东线和欧洲线大约加征了150美元，但航程较短的近洋线也要加征65美元，从平均航程而言，近洋线收费水平偏高。
此外，何立基称，虽然当前低硫燃料价格显著高于传统燃料，但低硫燃料的使用范围已越来越普及，价格也相应在回落；另一方面，船舶加装脱硫装置属于一次性成本，但航运公司征收的附加费没有终止期限，这意味着，即使航运公司已经收回加装成本开支，或者低硫燃料价格低于传统燃料，航运公司仍然可以继续要求托运人支付附加费。而且，业界普遍认同，低硫燃料成本应该属于运费组成部分，航运公司应当将成本计入运费再报价。
不过，并非所有航运公司都有重复收费问题。东方海外回应称，公司加征的燃料附加费会随着油价变动而每月调整，公司也已经考虑到不同燃料种类等因素，因此没有再另行加征其他与低硫燃料有关的附加费用。
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