很多货主在出口冷藏(冻)货物装箱时，喜欢将集装箱预冷至设定温度，这种做法其实是不科学的，对货物和集装箱都有可能带来负面影响，从而不能保证高品质的集装箱冷藏(冻)运输。原因是，如果装货前预冷过集装箱，那么在打开柜门准备装货时，外界高温度、高湿度的空气将会大量地进入柜内与低湿度、低温度的空气汇合，这会使得大量的水珠凝结在集装箱内壁上，这些水珠不仅会滴到货物的外包装上从而影响外包装的美观，而且会影响集装箱制冷系统的运作，从而有可能对货物品质带来不利影响。因为这些冷凝出来的水份必须由集装箱制冷系统中的蒸发器来排除，而这些冷凝出来的水份经过蒸发器盘管时就会结冰、这将使得制冷系统进行一次短暂的除霜过程。另一方面，蒸发器还必须除去以下三部分热量：装货时通过柜门而直接进入柜内的热量；穿过柜壁而透进柜内的热量；鲜货活货因新陈代谢而不断产生的热量。可以想象，如果冷藏集装箱需要除去额外热量和湿度越多，那么主要应用来冷却货物本身的制冷量就会越少。
因此，出口冷藏(冻)货物装箱时最好不要预冷集装箱，这在热带、亚热带地区及夏天高温季节装箱时更要注意科学的冷藏(冻)货物装箱方法应当是预冷货物至设定温度，然后将货物通过冷库与冷藏集装箱之间的隔热通道快速装入集装箱。当然，在预冷的集装箱温度与冷库温度相同，并且在冷库与集装箱之间有一条隔热通道的情况下是可以在装货前预冷集装箱的。